荒郊中的兰若寺频频有人丧命，身无分文的书生宁采臣(张国荣 饰)不顾道士燕赤霞(午马 饰)的反对借宿在此。深夜，宁采臣邂逅女鬼聂小倩(王祖贤 饰)，却不料小倩突露杀机，宁采臣的正直、善良打动了小倩，两人展开了一场旷世人鬼绝恋。此事被掌控着小倩的千年树妖姥姥(刘兆铭 饰)发现，欲将小倩许配给黑山老妖。一边是姥姥的威逼利诱，一边是赤诚书生的情义初起，小倩陷入两难选择……

20世纪90年代初，香江怒海，一代枭雄倪永孝(吴镇宇 饰)雄霸黑道，风头无两。以此为契机，青春年少的警校学生陈永仁(余文乐 饰)肩负机密使命潜入黑道，从此开始了他无法回头的黑暗人生。与此同时，精明狡猾的黑道头目韩琛(曾志伟 饰)密令弟子刘建明(陈冠希 饰)考入警校，成为他日后纵横江湖最重要的一枚棋子。转眼十年，风云变幻。韩琛早已成为新千年的黑道霸主。一起毒品交易的攻防战，令他和黄督察(黄秋生 饰)都敏锐地察觉到“内鬼”的存在。